Митрополит Феодосий возглавил Омскую епархию 29 июля 1986 года. На время его руководства пришёлся период духовного возрождения региона. Благодаря активной деятельности Феодосия и поддержке прежнего губернатора Леонида Полежаева епархия вернула здания бывших храмов и построила новые - за 20 с лишним лет число приходов в Омской области выросло с 6 до более 150. По решению митрополита также был восстановлен женский Ачаирский монастырь, старое здание которого до 1950-х годов занимала колония ГУЛАГа.
После ухода на покой Владыка Феодосий рассказал в интервью "Омск Здесь", что заслуженный отдых не приносит ему такого удовлетворения, как служение церкви:
Мне сейчас очень плохо, потому что я сейчас не служу, и это тяжко, очень тяжко. Трудно передать, как это тяжко - человеку служащему оставаться без совершения литургии. <...> Если ставить вопрос так, то я бы сказал: пошли, Господи, ещё времени и ещё возможности послужить. Пусть немножко, хоть несколько времени, но послужить.
Владыка Феодосий был почислен на покой решением Священного Синода от 27 июля 2011 года с выражением благодарности "за многолетние труды по возрождению Омской епархии, выразившиеся в открытии и строительстве новых храмов и монастырей".
